בתקופת האינתיפאדה בשנות ה-2000 המוקדמות ישבה כל הנהלת "הכנסת אורחים רשב"י מירון" יחד עם רבני העמותה וחשבה יחד איך יכולה הכנסת אורחים במירון לנסות ולפעול למען עם ישראל בתקופה קשה כל כך. אנשים נפצעו ונהרגו מידי יום רח"ל ממחבלים מתאבדים הפחד היה נוראי. רבני הישיבה החליטו פה אחד, הרי אנו נמצאים במקום קדוש כל כך, בסמוך לפתח המערה של רבי שמעון בר יוחאי, בואו ונפתח ישיבה בפתח המערה שתתפלל ותלמד לזכות ולהגנת עם ישראל.
ישיבת המקובלים של הכנסת אורחים היא ללא ספק גולת הכותרת בפעילות הברוכה של "הכנסת אורחים רשב"י מירון". במסגרת זו יושבים מדי לילה החל משעת חצות ועד הבוקר שלמחרת, עשרות מקובלים ותלמידי חכמים מופלגים, עורכים תיקון חצות והוגים בתורת הנסתר בקדושה ובטהרה. חצות הלילה כידוע היא עת רצון גדולה, וכבר בגמרא (ברכות ג:) מובא שדוד המלך עליו השלום היה קם בחצות לעסוק בתורה. וכפי שכתוב בתהילים "חצות לילה הקום להודות לך על משפטי צדקך" על הלומדים בחצות כתב השל"ה הקדוש (תלג): "הם הנקראים עבדי ה', אלה הם הראוים לברך למלך וברכתם ברכה שלמה" וכפי שכתב רשב"י הקדוש בזוהר שהקמים ללמוד בשעת חצות לילה גזירתם גזירה וברכתם ברכה.
את תלמידי הישיבה בוחרים מקובלי הישיבה ממש בזהירות, לא כל אחד יכול לקחת חלק בישיבה מסוג כזה. כל תלמיד בישיבה תלמיד חכם עצום וירא שמיים ענק. הלימודים בישיבה ברובם כוללים את תורת הנסתר "הזוהר הקדוש" שחובר ע"י רבי שמעון זיע"א.
לאחר סדר הלימוד כל אברך ואברך מתחיל להזכיר את שמות "משפחת מחוברי הרשב"י" ומתפלל עליהם בכל עניין אשר ביקשו.
אלפי סיפורי ישועות מגיעים למוקד בזכות ישיבה זו והתפילות המרובות.
